Кафедра організації фармацевтичної справи була заснована 1939 року при Київському інституті удосконалення лікарів (нині Національна медична академія післядипломної освіти імені П. Л. Шупика Міністерства охорони здоров'я України). У цьому ж році вона була реорганізована у курс і включена до складу кафедри технології лікарських форм та галенових препаратів.
У 1941 році робота інституту була перервана війною. Після поновлення діяльності інституту у січні 1945 р. колектив кафедри розпочав свою роботу.
У грудні 1977 р. за наказом МОЗ СРСР № 1105 на базі курсу організації фармацевтичної справи кафедри технології ліків було створено кафедру організації і економіки фармацевтичної справи, пізніше перейменовано у кафедру організації і економіки фармації.
Вагомий внесок у розвиток кафедри вніс кандидат фармацевтичних наук, доцент, завідуючий курсом, а потім кафедрою організації і економіки фармації Іван Максимович Губський (1977 – 1986). Губський І. М. пройшов трудовий шлях від завідувача аптекою, директора фармацевтичної школи до начальника спочатку Київського обласного аптекоуправління, Головного аптечного управління Міністерства охорони здоров’я України і завідувача кафедрою. В цей час за його участі були впроваджені прогресивні форми організації фармацевтичної справи: колективну матеріальну відповідальність в аптеках, доплату за кваліфікаційну категорію, організацію мережі міжлікарняних аптек. У 1959 р. за ініціативою І. М. Губського було відновлено видання "Фармацевтичного журналу". У 1958 році І. М. Губським підготовлений перший у колишньому СРСР підручник для студентів фармацевтичних інститутів і слухачів системи післядипломної освіти з організації і економіки фармації, а пізніше –організовано друге його видання (1976).
З 1986 по 1991 р. кафедру очолювала кандидат фармацевтичних наук, доцент Людмила Трохимівна Загоровська, яка активно продовжувала спрямовувати колектив на вдосконалення навчального процесу та впровадження наробок співробітників кафедри у практичну фармацію. На кафедрі були створені передумови для творчої наукової діяльності. Вперше на кафедрі старшим викладачем М. С. Пономаренко підготовлена та захищена у 1990 році дисертація на здобуття наукового ступеня доктора фармацевтичних наук за темою: «Організаційні принципи, методичні основи та форми вдосконалення системи післядипломного навчання провізорів».
З 1991 року по 2018 рік кафедру очолював доктор фармацевтичних наук, професор Микола Семенович Пономаренко, під керівництвом якого творчий колектив професорсько-викладацького складу втілює в навчальний процес новітні технології управління та організації роботи суб'єктів фармацевтичної діяльності в сучасних умовах (маркетинг, раціональний фармацевтичний менеджмент, формулярну систему, фармакоекономіка тощо).
У складі головного навчального закладу післядипломної освіти в Україні, яким є Національна медична академія післядипломної освіти імені П. Л. Шупика, кафедра організація і економіки фармації разом з іншими профільними кафедрами академії виконує роль організаційного центру з координації та вдосконалення системи післядипломного навчання провізорів.
За останні роки співробітниками кафедри, вперше у вітчизняній і зарубіжній практиці, створена система комбінованого методу вимірювання знань, вмінь, навичок (КМВ) за допомогою професійно-посадових стандартів (ППС). Керуючий контроль професійного знання дозволяє здійснювати кваліметрію за допомогою як комп'ютерної техніки, так і безмашинних технологій виміру знань, вмінь, навичок.
Колектив кафедри приділяє велику увагу вдосконаленню системи оціночної діяльності й одержання валідного результату контролю знань. КМВ знань, вмінь, навичок дозволяє і передбачає залучення різних видів оціночного апарату на всіх етапах навчання та існуючих видів оцінки: індивідуальної, фронтальної, зовнішньої, внутрішньої, вербальної, сертифікаційної, центральної. Тобто оцінка знань (доциметрія, кваліметрія) провадиться перманентно як при усному, письмовому тестовому моделюванні, так і з залученням комп'ютерної техніки. Методична база дозволяє залучити слухача до самооцінюючої діяльності (внутрішня оцінка) або перехресної перевірки (т'юторна організація контролю).
Під керівництвом професора М.С. Пономаренко у 2014 р. на кафедрі створена Наукова школа раціонального фармацевтичного менеджменту і маркетингу.
Починаючи з 2015 року колектив кафедри активно включився у процес впровадження формулярної системи у практику роботи закладів охорони здоров’я Дніпропетровської, Запорізької, Херсонської, Вінницької та інших областей України.
