Кафедра заснована в серпні 1959 р.
Завідувачі кафедри педіатрії-2:
1959–1973 рр. — професор Е.Г. Городецька
1974–1990 рр. — професор Г.М. Тебенчук
1990-2017 рр. — професор В.В. Бережний
З 2017 р – професор Т.В. Марушко
Перший завідувач і організатор кафедри - професор Емма Генріхівна Городецька (1902–1990 рр.). Клінічною базою кафедри стала дитяча лікарня №15 Шевченківського району м. Києва на 150 стаціонарних ліжок з трьома відділеннями (молодшого дитинства, соматичного для дітей старшого віку та гастроентерологічного). Разом з професором Е.Г. Городецькою в той час працювали перші викладачі кафедри: асистент Г.М. Звонарьова, Т.О. Софієнко та Р.А. Ярмоленко.
Протягом 16 років кафедру очолювала доктор медичних наук, професор Галина Михайлівна Тебенчук, яка з 1960 року займала спочатку посаду доцента кафедри, а потім професора. У 1991–1993 рр. вона очолювала кафедру педіатрії №3, в подальшому працювала консультантом в ДКЛ №15 м. Києва (тепер ДКЛ №8). Протягом тривалого часу Галина Михайлівна була деканом терапевтичного факультету і фундатором деканату педіатричного факультету.
Основні напрями наукової діяльності професора Тебенчук Г.М.: дитяча пульмонологія, кардіологія, гастроентерологія та нефрологія. Під її керівництвом виконано 2 докторські та 5 кандидатських дисертацій; учні: професор Гудзенко Ж.П., професор Лукашук В.Д., професор Бекетова Г.В., доцент Орлюк І.Б., доцент Головатюк Л.М. З 1993 року Галині Михайлівні Тебенчук за вагомий внесок у розвиток вітчизняної педіатрії присуджено довічно стипендію Президента України.
В наступні роки на кафедрі працювали доценти Г.М. Звонарьова, Л.А. Кріпак, Л.Г. Більська, О.Д. Преварська, асистенти: Ж.П. Гудзенко, Г.Г. Григорець, Н.А. Іроденко, І.Б. Орлюк. В 1985–1987 рр. на кафедрі працювали асистенти Н.К. Уніч, В.Д. Лукашук, Л.М. Литовченко, Л.М. Сінчук, Л.М. Головатюк.
З 1989 р. на кафедрі почав працювати професор В’ячеслав Володимирович Бережний, головний педіатр МОЗ України, який у січні 1990 р. очолив кафедру.
У 1989 р. кафедра перейшла на нову клінічну базу, якою стала новозбудована дитяча клінічна лікарня №1 Мінського району м. Києва, яка в 1998 р. отримала статус міської. Це багатопрофільна дитяча лікарня на 450 ліжок, яка має 14 різнопрофільних відділень, де є всі умови для педагогічного та лікувального процесів.
З 1991 року прийшли нові професійні кадри: В.В. Корнєва (1991), Т.В. Марушко (1994), Н.П. Глядєлова (1998), Л.В. Курило (1998). З 1987 р. на посади доцентів кафедри обрані кандидати мед. наук Н.К. Уніч та І.Б. Орлюк.
Кафедра освоїла та успішно проводила наступні цикли вдосконалення лікарів: «Актуальні питання педіатрії» для викладачів медичних училищ, педіатрів сільських лікарських дільниць; «Кардіоревматологія дитячого віку», «Нефрологія дитячого віку», «Фізіологія та патологія дітей раннього віку», «Фізіологія та патологія дітей старшого віку», «Вибрані питання педіатрії» (для завідуючих відділеннями — керівників інтернів). З 1990 р. кафедра провела декілька нових циклів на умовах госпрозрахунку: «ЕКГ та ФКГ-діагностика захворювань серця та судин у дітей». Таким чином, з часом кафедра почала проводити вже не по два, а по 4 і більше циклів удосконалення лікарів на рік.
Традиційно на кафедрі проводилися виїзні цикли, зокрема: м. Андижан, Узбекистан, 1982; м. Кисловодськ, Ставропольський край Росії, 1983; м. Нукус, Кара-Калпакія, Узбекистан, 1984; м. Ашхабад, Туркменія, 1985; м. Курган-Тюбе, Таджикистан, 1986; м. Херсон, 1991; м. Мукачево, 1993; м. Житомир, 1998., м. Бориспіль, 1998; м. Ялта, 1998; м. Миколаїв, 1998.
З 2017 року по теперішній час кафедру педіатрії НУОЗ України імені П.Л.Шупика очолює доктор медичних наук, заслужений лікар України, професор Тетяна Вікторівна Марушко. Кафедра під керівництвом Марушко Тетяни Вікторівни продовжує традиції викладання спеціальностей «Педіатрія», «Дитяча кардіоревматологія». Науковим та клінічним напрямком кафедри є оптимізація підходів до надання медичної допомоги новонародженим та дітям раннього віку, проблеми дитячої пульмонології, алергології, нефрології, кардіоревматології, гастроентерології.
У 2020 році після введення субспеціальності “дитяча ревматологія” кафедра єдина в Україні розпочала підготовку спеціалістів з дитячої ревматології.
З 2021 року на кафедрі повністю оновлений склад циклів тематичного удосконалення. Кафедра проводить безперервне професійне навчання лікарів-фахівців педіатричного профілю на короткотривалих заходах та циклах тематичного удосконалення за напрямками: «Вибрані питання дитячої кардіоревматології», «Функціональні методи дослідження в педіатричній практиці», «Невідкладні стани в педіатрії», «Клінічні аспекти антимікробної терапії в педіатрії», «Захворювання дітей раннього віку: вибрані питання».
Кафедра постійно поповнює забезпечення викладачів та слухачів технічними засобами навчання: сучасні комп’ютери, можливість працювати на сучасних медичних сайтах. Для більш детального впровадження в педагогічний процес практичних навичок працює клас симуляційного навчання, який оздоблений навчальними манекенами та необхідним обладнанням.
За період існування кафедри співробітниками кафедри опубліковано понад 1000 наукових праць у вигляді статей, 25 монографій. За результатами наукових досліджень отримано авторські свідоцтва на винаходи та деклараційних патентів - 35, опубліковано інформаційних листів - 30, внесені 35 раціоналізаторських пропозицій.
В наш час на кафедрі працюють два професори, чотири доцента, два асистента, які являються високопрофесійними практичними спеціалістами з загальної педіатрії, неонатології, кардіоревматології, гастроентерології, гематології, володіють променевими та функціональними методиками діагностики, що дозволяє проводити заняття на високому професійному рівні.
Викладачі кафедри приймають активну участь у роботі наукових форумів в Україні та за кордоном. Здобутки науково-дослідної діяльності кафедри педіатрії широко представлені на міжнародних конгресах, конференціях та симпозіумах.
Матеріальна база кафедри достатня: аудиторія площею 54 м2, учбово-методичний кабінет (20 м2) та 7 навчальних кімнат Працює кімната стимуляційного навчання. В усіх навчальних приміщеннях наявна достатня кількість місць для курсантів, є всі устаткування для педагогічного процесу.