Метою діяльності НУОЗ України імені П. Л. Шупика є поступальний розвиток як інноваційного освітньо-науково-медичного центру України, що відповідно до вітчизняних та міжнародних стандартів (у тому числі міжнародного стандарту ISO 9001:2015), забезпечуватиме:
- Підготовку та безперервний професійний розвиток конкурентоздатних фахівців, готових до реалізації новітніх технологій в Україні і за кордоном.
- Підготовку наукових, науково-педагогічних кадрів та їх атестацію.
- Проведення на сучасному рівні наукових досліджень та сприяння впровадженню їх результатів у практику охорони здоров’я.
- Надання на клінічних базах та в структурних підрозділах НУОЗ України імені П. Л. Шупика, які провадять медичну практику, висококваліфікованої медичної допомоги населенню та участь в управлінській діяльності щодо її покращання в Україні.
- Розширення міжнародного співробітництва у сфері вищої освіти та науки.
Стратегічні напрями:
- Безперервне поліпшення якості освітніх послуг, що покладається в основу розвитку НУОЗ України імені П. Л. Шупика в інтересах осіб, які навчаються в академії, та усіх зацікавлених сторін. Орієнтування на задоволеність поточних і майбутніх потреб споживачів освітніх послуг, а також випередження їх очікувань. Побудова системи комунікацій з зацікавленими сторонами, яка б дозволила досягати максимальної результативності взаємовідносин, здійснювати вагомий внесок у підготовку, перепідготовку та підвищення кваліфікації фахівців відповідно до потреб суспільства й ринку праці, збереження здоров’я населення та розвиток медицини, задоволення потреб суспільства і країни через якісну медичну освіту і лікувально-консультативну допомогу.
- Формування моделі діяльності НУОЗ України імені П. Л. Шупика на основі поєднання освіти, науки, медичної практики й інновацій, забезпечення інтеграції до міжнародного науково-освітнього простору. Розвиток локальної нормативної бази НУОЗ України імені П. Л. Шупика, досягнення академічної, організаційної та фінансової автономії, демократизації системи управління
- Формування соціокультурного мотиваційного середовища НУОЗ України імені П. Л. Шупика, покращення соціального захисту працівників, що сприяє професійному зростанню, забезпечує високу якість освіти, отримання нових знань та їх передачу особам, які навчаються, динамічний розвиток досліджень й інновацій. Виховання ставлення до забезпечення якості по всім напрямкам діяльності як першочергового завдання кожного працівника НУОЗ України імені П. Л. Шупика.
- Розвиток фінансового, інформаційного, матеріально-технічного та інфраструктурного забезпечення освітньо-наукових процесів та консультативної медичної допомоги в НУОЗ України імені П. Л. Шупика.