Партнерами НУОЗ України імені П. Л. Шупика є закордонні лікувальні заклади, вищої, післядипломної освіти та науки, зокрема:

• Каролінський інститут (Королівство Швеція)
• Королівський Університет у Белфасті (Велика Британія)
• Королівський коледж патологів (Велика Британія)
• Інститут імунологічних досліджень Нової Англії (США)
• Королівський коледж патологів (Велика Британія)
• Інститут технологій Деггендорфа (Федеративна Республіка Німеччина)
• Варшавський медичний університет (Республіка Польща)
• Реабілітаційна лікарня Абромішкес та Центр реабілітації, фізичної і спортивної медицини Лікарні Сантаріску Вільнюського університету (Литовська Республіка)
• Ризька східна університетська лікарня як клінічна база Ризького університету імені Пауля Страдиня (Латвійська Республіка)

Партнером НУОЗ України імені П. Л. Шупика є Благодійна медична організація МедГлобал (MedGlobal)