Лікувально-діагностична робота проводиться викладачами кафедри неонатології на шести клінічних базах кафедри:
- Національна дитяча спеціалізована лікарня «ОХМАТДИТ» є базою кафедри з 1977 року. Співробітники кафедри співпрацюють з лікарями лікарні у чотирьох відділеннях неонатологічного профілю (науковий керівник бази член-кор. НАМН України, професор Є.Є. Шунько).
Відділення інтенсивної терапії новонароджених ОХМАТДИТ (зав. від. Л.В. Ніконова) – консультативну роботу здійснюють член-кор. НАМН України, професор Є.Є. Шунько, доцент О.О. Костюк, доцент Т.В. Кончаковська
Відділення інтенсивного виходжування та ранньої реабілітації новонароджених ОХМАТДИТ (зав. від. С. Я. Старенька) – консультативну роботу виконує доцент О. Т. Лакша, асистент О. О. Бєлова.
Відділення інтенсивного виходжування глибоко недоношених дітей ОХМАТДИТ (зав. від. Т.О. Орлова) – консультативну роботу виконує доцент О.О. Костюк
Відділення хірургії новонароджених ОХМАТДИТ (зав. від. І.С. Максакова) – консультативну роботу виконує доцент Ю. Ю. Краснова
2. КНП «Перинатальний центр м. Києва» є базою кафедри неонатології з 1996 року. Відділення інтенсивної терапії новонароджених (зав. від. В. М. Тишкевич) та відділення постінтенсивного догляду і виходжування передчасно народжених дітей (зав. від. В. І. Бачинська) – консультативну роботу виконує доцент Т. В. Кончаковська
- КНП КОР «Київський обласний перинатальний центр» є базою кафедри з 2005 року. Відділення інтенсивної терапії новонароджених (зав. від. А. Ю. Попова) та післяпологове відділення сумісного перебування (зав. від. О. Б. Самойленко). Лікувально-діагностичну та консультативну роботу виконує доцент Ю.Ю. Краснова.
- Київський міський пологовий будинок №1 є базою кафедри з 2009 року. Консультативну роботу у відділеннях інтенсивної терапії та сумісного перебування здійснює доцент Костюк О.О.
- Центр перинатальної та репродуктивної медицини м. Києва став клінічною базою кафедри в 2018 році, лікувально-консультативну роботу тут проводить доцент Т. В. Кончаковська.
- КНП «Броварська багатопрофільна клінічна лікарня» територіальних громад Броварського району Київської області з 2020 року також є клінічною базою підготовки лікарів-інтернів, лікувально-діагностичну та консультативну роботу здійснює доцент Краснова Ю.Ю., роботу з інтернами проводить аспірант кафедри Ю.Ю. Аубекерова.
Окрім базових відділень, співробітники кафедри неонатології консультують новонароджених у родопомічних закладах Києва, у Київській обласній дитячій лікарні №1, клініках «Лелека» та «ІСІДА», за потреби надають амбулаторну допомогу новонародженим міста Києва.
Професори і доценти кафедри регулярно проводять дистанційні консультації хворих новонароджених онлайн за допомогою сучасних технологій та через єдину клінічну базу даних програми Дорадо.
Колектив кафедри неонатології приймає участь в розробці та впровадженні нормативної бази МОЗ України з удосконалення перинатальної допомоги новонародженим та передчасно народженим дітям.