Клінічною базою кафедри кардіохірургії, рентгенендоваскулярних та екстракорпоральних технологій  з 2016 року є ДУ «Інститут серця МОЗ України» (вул. Братиславська, 5А, м.  Київ, 02660; тел.: (044) 291-61-31; www.heart.kiev.ua). Співробітники кафедри працюють у відділеннях Інституту серця, виконують консультативну, лікувальну та оперативну роботу у консультативно-діагностичному поліклінічному відділенні, відділенні хірургічного лікування ішемічної хвороби серця та магістральних судин №3 та інших відділеннях Інституту серця. 

Важливою складовою співпраці кафедри та клінічної бази є проведення науково-практичних конференцій спільно зі співробітниками Інституту серця. Учасниками цих конференцій є слухачі кафедри, співробітники Інституту серця, а також інших лікувально-профілактичних установ м. Києва і регіонів України.

У співпраці з кафедрою на базі Інституту серця функціонує Всеукраїнська асоціація фахівців з аритмології і електрофізіології серця, яка видає науково-практичний журнал «Кардіохірургія та інтервенційна кардіологія» (головний редактор – Б.М. Тодуров, заступник головного редактора – О.Й. Жарінов), Всеукраїнська асоціація фахівців з кардіоторакальної, ендоваскулярної хірургії та трансплантології (президент – Б.М. Тодуров).