На кафедрі мікробіології, епідеміології та інфекційного контролю успішно триває навчання на одному з найпопулярніших циклів – спеціалізації з бактеріології. Такий вид післядипломної підготовки в Україні здійснюється лише в двох закладах: НМАПО імені П. Л. Шупика та ХМАПО.

Серед слухачів циклу випускники медичних навчальних закладів вищої освіти, які за розподілом МОЗ України навчались в інтернатурі за спеціальністю «Мікробіологія і вірусологія» та ті, котрі отримали повну вищу освіту за напрямом Біологія в немедичних НЗВО. З огляду на те, що діяльність майбутніх спеціалістів-бактеріологів пов’язана з діагностикою інфекційних захворювань у людей, підготовка слухачів з базовою немедичною освітою потребує особливої уваги щодо загальних медичних знань. Це і питання медичної етики та деонтології, і деякі аспекти клініки, патогенезу та профілактики інфекційних захворювань, і принципи взаємодії з лікарями інших спеціальностей як клінічних, так і профілактичних тощо. Частину цієї інформації слухачі отримують під час позааудиторної підготовки шляхом участі в медичних наукових конференціях та семінарах, що проходять у Києві, де мають змогу долучитися до специфічної атмосфери медичної діяльності. З цією ж метою, слухачі циклу спеціалізації також залучаються до науково-практичних конференцій з обміну досвідом, що проходять на паралельних циклах кафедри (передатестаційних, тематичного удосконалення), де навчаються досвідчені лікарі-бактеріологи та лікарі-епідеміологи.

Виконуючи навчальну програму, слухачі опановують практичні навички відповідно до протоколів бактеріологічної діагностики, працюючи з патогенними та умовно-патогенними мікроорганізмами з кафедрального музею живих культур, що забезпечує високу спорідненість навчання та подальшої роботи за фахом.

Колектив кафедри докладає всіх зусиль для того, щоб майбутні спеціалісти-бактеріологи мали рівень професійної підготовки не нижчий за такий у лікарів-бактеріологів і в подальшому могли бездоганно виконувати свої професійні обов’язки.