Клінічною базою, де розгорнули свою роботу 11 кафедр Академії стала Київська міська дитяча клінічна лікарня № 1, яка у цьому році святкує свій 30-річний ювілей.

Лікарня розпочала роботу 1 січня 1989 року, як дитячий лікувальний заклад Мінського району м. Києва, потужністю 600 ліжок. Разом з початком формування колективу, лікарня стала базовим закладом кафедр НМАПО імені П.Л. Шупика. Першим кафедрами були кафедри дитячої анестезіології та інтенсивної терапії, променевої діагностики, дитячої неврології, урології, отоларингології, педіатрії. Поширювалась лікувальна та діагностична база. Удосконалювались взаємозв’язки з лікувальними закладами міста, науково-дослідними інститутами.

З кінця 1998 року лікарня стала міською багатопрофільною. В лікарні розпочали роботу кафедри дитячої хірургії, інфекційних хвороб та дитячої імунології, нефрології. Були організовані – міський імунологічний центр, міський центр епілепсії, за допомогою Кураторіуму  з діалізу та трасплантації  нирки (Німеччини) здійснено переобладнання та реконструкція відділення хронічного гемодіалізу. Відкрита міська консультативна поліклініка, де щорічно близько 20 тисяч дітей отримують консультативну допомогу по 15 напрямкам. Створено систему диспансерного спостереження та лікування хворих дітей на фенілкетонурію та муковісцидоз. Створена реанімаційна  бригада для всіх дитячих стаціонарів. За підтримки Департаменту охорони здоров’я Київської міської Державної адміністрації відкрито відділення анестезіології та інтенсивної терапії новонароджених з реанімаційною бригадою для транспортування новонароджених з пологових будинків. Потужна матеріально-технічна база відділення, високий фаховий потенціал, відкриття на базі відділення кафедри неонатології дозволило значно покращити якість надання  інтенсивної медичної допомоги новонародженим та виходжувати дітей вагою від 500 грамів.


У третьому десятиріччі лікарня продовжувала шлях розвитку та удосконалення надання медичної допомоги. Постійно розширювався спектр впровадження новітніх методів діагностики та лікування. Відкриті відділення дитячої травматології та травматологічний пункт, центр орфанних захворювань. Проведені сучасні капітальні ремонти приймального відділення, відділення анестезіології  з ліжками інтенсивної терапії, операційного блоку.

Розпочали свою діяльність кафедри невідкладних станів та сімейної медицини. Удосконалювалась якість надання медичної допомоги дітям хворим на гемофілію, муковісцидоз, системні захворювання  сполучної тканини, імунодефіцитні стани , фенілкетонурію  та інші орфанні захворювання. Лікарня здійснює виконання понад 15 загальнодержавних та міських програм. Лікарня лауреат «Національної медичної премії» має вищу акредитаційну категорію та статус «Лікарня доброзичлива до дитини».