Основною клінічною базою є  дитяча клінічна лікарня № 9 м. Києва. Стаціонар ДКЛ  № 9 розраховано на 170 ліжок та має 8 відділень: приймальне, діагностичне, відновного лікування та 5 відділень для стаціонарного лікування. 

Дитяча клінічна лікарня № 9, крім того, працює як спеціалізований консультативний міський клінічний заклад гастроентерологічного профілю.

На базі клініки працює міський дитячий гастроентерологічний консультативний центр та міський центр профілактики та лікування захворювань слизової оболонки ротової порожнини та пародонту. З ініціативи кафедри та підтримки міжнародного дитячого фонду  ЮНІСЕФ, МОЗ України та НУОЗ України імені П. Л. Шупика з 2010 року на базі ДКЛ № 9 працює « Клініка, дружня до молоді». За розпорядженням УОЗ м. Києва ДКЛ № 9 є базовою лікарнею як «Дозорна станція епідемічного нагляду при грипі».

На базі використовується пульсоксиметр і спірометр для діагностики ступеню важкості дихальної недостатності, проводиться добове холтеровське моніторування ЕКГ та АТ.

За останні роки впроваджена математична модель прогнозування розвитку хелікобактерної інфекції в дітей (інформаційна значущість медико-біологічних та соціально-гігієнічних факторів), математична модель прогнозування рецидивного перебігу синдрому ацетонемічної блювоти у дітей, математичні моделі прогнозування підвищеного або високого ризику виникнення множинних ерозивних уражень СОШ і СО ДПК та гіпоацидості шлунку при ХГД у підлітків, що потребує диференційованого лікування і проведення профілактичних заходів.

З 01.01.2010 р. підписана угода про співпрацю  між  Державною установою «Інститут педіатрії, акушерства та гінекології імені академіка О.М.ЛУК’ЯНОВОЇ Національної Академії медичних наук України» (відділення хвороб печінки та органів травлення – керівник доктор медичних наук, професор Денисова М. Ф.; відділення медичних проблем здорової дитини та преморбідних станів – керівник доктор медичних наук, професор, національний тренер ВООЗ з інтегрованого ведення хвороб дитячого віку, головний підлітковий терапевт НАМН Квашніна Л. В.; відділення неонатології – керівник  доктор медичних наук, професор, Президент асоціації неоатологів України, заслужений лікар України Знаменська Т. К.).

З приватним  акціонерним товариством «Медичний центр «Добробут» була підписана угода про співпрацю з 01.07.2010 р. В своєму складі центр має 6 поліклінічних та 3 стаціонарних відділення, оснащені сучасною діагностичною  та лікувальною апаратурою.

Лікувально-діагностичні можливості розширені шляхом співпраці з «Харківським спеціалізованим медико-генетичним центром» (генеральний директор доктор медичних наук, професор Гречаніна О.Я.), «Українським науково-медичним центром проблем остеопорозу» Інституту геронтології імені Д. Ф. Чеботарьова (генеральний директор центру доктор медичних наук, професор Поворознюк В.В.), угоди з якими підписані в 2015 та 2016 роках.

Морфологічні, морфометричні, імуногістохімічні дослідження проводились за вкладеними угодами в 2016, 2017, 2018, 2019 роках в лабораторії кафедри патологічної анатомії №2 Національного медичного університету імені О.О. Богомольця під керівництвом д. мед. н., професора Гички С.Г., завідувача кафедри патологічної анатомії № 2, який є президентом Асоціації патологів України і має тісну співпрацю із Інститутом патології Карл-Тім - Клінікум Котбус гГмбХ (академічна школа Шаріте, м. Котбус, Німеччина).

Лікувально-навчальний процес проводиться із використанням нових форм, методів та досягнень медичної науки з впровадженням у практику закладів охорони здоров'я. Співробітники кафедри беруть активну участь у роботі міської, обласної та Української асоціацій педіатрів, Української асоціації неонатологів, Української асоціації дитячих гастроентерологів та нутриціологів, Українського, Європейського та Всесвітнього клубу панкреатологів. Асистенти постійно курують хворих у поліклінічних та стаціонарних відділеннях.

Кафедра впроваджує нові методи лікування у відділеннях. На кафедрі проводиться розробка та експертна оцінка ефективних методів профілактики, діагностики, лікування і реабілітації хворих; апробація і впровадження в практику лікарських засобів, медичних інструментів та апаратури (Біоптрон  і апарат УЗД, пульсоксиметр, спірометр, добове холтеровське моніторування ЕКГ та АТ).

Співробітники кафедри організують та беруть участь в проведенні семінарів, клінічних, науково-практичних конференцій, роботі експертних комісій, консиліумів, медичних рад та заходів по контролю за якістю лікувально-діагностичного процесу. Зав. кафедрою професор Бекетова Г. В. в складі групи провідних фахівців України за розпорядженням МОЗ України бере участь у реалізації національного проекту по безперервній освіті лікарів-педіатрів, сімейних лікарів та спеціалістів в різних областях країни.

Зав. кафедрою професор Бекетова Г.В. є членом координаційних рад по впровадженню стратегії ВОЗ/ЮНІСЕФ «Лікарня доброзичлива до дитини»,  з питань надання медико-соціальної допомоги підліткам і молоді та «Інтегроване ведення хвороб дитячого віку» (педіатрія). Також професор Бекетова Г.В.: є заступником голови постійної робочої групи МОЗ України по ДЦП.

Зав. кафедрою професор Бекетова Г.В. є членом центральної атестаційної комісії МОЗ України.

За період з вересня 2020року по березень 2021 року працівниками кафедри  проконсультовано – 120 стаціонарних та 145 амбулаторних хворих, проведено 30 консиліумів та 20 обходів на клінічних базах кафедри, а також було проведено 40 діагностичних обстеження.

Співробітники кафедри брали участь у 5 клінічних конференціях та 12 експертних комісіях МОЗ України.