Під керівництвом професора Тимофєєва О.О. захищено 39 кандидатських та 5 докторських дисертацій.

Серед кандидатів наук: О.М. Лихицький, Д.В. Топчій, В.В. Камінський, О.В. Горобець, М.В. Ковальов, С.В. Вітковська, С.В. Максимча, В.Л. Леснухін (Швеція), В.В. Коваленко, В.П. Цислюк, А.В. Дакал, А.І. Кривошеєва, Є.І. Фесенко, Мазен Штай Тамімі (Йорданія), А.А.Жеззіні (Ліван), Натия Васадзе (Грузія), Берідзе Бека (Грузія) та інші.

Докторами наук під керівництвом професора Тимофєєва О.О. стали:

І.Г. Лісова – завідувач кафедри хірургічної стоматології та щелепно-лицевої хірургії Харківської медичної академії післядипломної освіти,

О.І. Мірза – завідувач кафедри ортопедичної стоматології Київського Інституту екології та медицини,

О.С. Барило – доцент кафедри хірургічної стоматології та щелепно-лицевої хірургії Вінницького Національного медичного університету,

О.П. Вєсова та Н.О. Ушко – професори кафедри щелепно-лицевої хірургії НУОЗ України імені П.Л. Шупика.

Професор Тимофєєв О.О. являється головним редактором міжнародних журналів "Сучасна стоматологія" та "Journal of Diagnostics and Treatment of Oral and Maxillofacial Pathology", включених до переліку наукових фахових видань України. Професор Ушко Н.О. являється членом редакційної колегії міжнародних журналів "Сучасна стоматологія" та "Journal of Diagnostics and Treatment of Oral and Maxillofacial Pathology", професор Вєсова О.П. – журналу "Сучасна стоматологія".