У 1965 році при Київському державному інституті удосконалення лікарів була організована кафедра дієтології на базі терапевтичного відділення Міської клінічної лікарні № 6 “Медмістечко”. З 1971 року кафедру перейменовано на кафедру гастроентерології та дієтології, з 2007 –гастроентерології, дієтології і ендоскопії.
Першим керівником та організатором кафедри була професор Говорова Марія Степанівна (1914-1973).
З 1974 по 1990 рік кафедру очолював доктор медичних наук, професор Федишин Петро Степанович (1921-1991).
З 1990 по 1997 рік кафедрою завідувала доктор медичних наук, професор Дегтярьова Ірина Іванівна.
З 1997 року кафедру очолює член-кор. НАМН України, професор Харченко Наталія Вячеславівна. Наталія Харченко є членом президії Української гастроентерологічної асоціації (УГА), керівником комітету з освіти УГА, головою Київського регіонального відділення УГА, віце-президентом Асоціації дієтологів України, членом Всесвітньої та Європейської Асоціації Гастроентерології, Ендоскопії та Нутриціології, експерт МОЗ України за напрямом «Гастроентерологія», очолює групу аудиторів НУОЗ України імені П.Л. Шупика.
З 1999 року під керівництвом професора Н.В. Харченко була організована та щорічно проводиться Національна Школа гастроентерологів, гепатологів України.
Сесії Школи проводяться разом з Європейською Асоціацією Гастроентерології, Ендоскопії та Нутриціології – EAGEN (European Assocіatіon for Gastroenterology, Endoscopy and Nutrіtіon), Всесвітньою Гастроентерологічною Асоціацією – WGO (World Gastroenterology Organisation) та користуються великим авторитетом серед лікарів.
При кафедрі гастроентерології, дієтології і ендоскопії був створений та працює науково-медичний гастроентерологічний консультативний центр МОЗ України, який надає консультативну допомогу пацієнтам та науково-методичну допомогу лікарям з питань гастроентерології та дієтології.
Співробітники кафедри приймають активну участь в організації та проведенні вітчизняних з’їздів, конгресів, симпозіумів, науково-практичних конференцій, беруть участь у роботі Європейського гастроентерологічного тижня, інших міжнародних конгресів та симпозіумів.
Співробітники кафедри проводять велику лікувальну та консультативну роботу і добре відомі як в нашій країні, так і за кордоном. Під керівництвом професора Наталії Харченко та за активної участі співробітників кафедри розроблено клінічні настанови та уніфіковані клінічні протоколи з надання медичної допомоги хворим гастроентерологічного профілю, які затверджені МОЗ України.
Наразі науково-педагогічні працівники кафедри гастроентерології, дієтології і ендоскопії приймають активну участь у розробці галузевих стандартів медичної допомоги згідно Наказу МОЗ України від 25.01.2023 № 145 «Про утворення та затвердження персональних складів мультидисциплінарних робочих груп з розробки галузевих стандартів медичної допомоги».
Кафедра гастроентерології, дієтології і ендоскопії є єдиною в Україні кафедрою клінічної дієтології, яка на високому науковому рівні займається індивідуальною корекцією харчового раціону при різних порушеннях обміну речовин, різноманітних захворюваннях. Окремим напрямком роботи є профілактична гастроентерологія та дієтологія.
Співробітниками кафедри виконується великий обсяг навчально-методичної та організаційної роботи. Під керівництвом та за участі співробітників кафедри підготовлені та видані національні підручники з гастроентерології та дієтології, навчальні посібники, методичні рекомендації та інша навчально-методична література. У 2022 році за редакцією чл.-кора НАМНУ, професора Н. В. Харченко та активної участі науково-педагогічних працівників кафедри гастроентерології, дієтології і ендоскопії було видано довідник «Класифікації захворювань органів травлення», призначений для фахівців галузі «Охорона здоров’я», лікарів-слухачів кафедр терапії, загальної практики-сімейної медицини, гастроентерології, лікарів-інтернів та ін.
Кафедра гастроентерології, дієтології і ендоскопії є провідною в системі післядипломної освіти. У 2022 році робочою групою кафедри гастроентерології, дієтології і ендоскопії було розроблено нові освітні програми спеціалізації за спеціальностями «Гастроентерологія», «Дієтологія», затверджені рішенням вченої ради НУОЗ України імені П.Л. Шупика. Для забезпечення безперервного професійного розвитку лікарів проводяться цикли тематичного удосконалення з гастроентерологічної тематики та дієтології.