Кафедра інформатики створена в 1986 році відповідно до наказу від 02.01.1986 № 1 ГУУЗ Міністерства охорони здоров’я СРСР згідно з рішенням Всесоюзної наради активу робітників МОЗ із прискорення науково-технічного прогресу. Спочатку кафедра носила назву медичної інформатики та обчислювальної техніки, з 1996 року — кафедра медичної інформатики, з 01.01.2022 року — кафедра інформатики, інформаційних технологій і трансдисциплінарного навчання. 

У літку 2023 року відбулось приєднання кафедри філософії. Відповідно з 01.07.2023 року розширено спектр дисциплін і напрямів діяльності кафедри, що нині носить назву — кафедра фундаментальних дисциплін та інформатики.

Кафедра є опорною з медичної інформатики в системі післядипломної медичної освіти.

Ініціатором створення першої кафедри медичної інформатики не лише в Україні, а й на території колишнього Радянського Союзу став відомий учений — Озар Петрович Мінцер, який і нині її очолює.

Історія розвитку кафедри, як і самої науки інформатики, поки ще коротка, але дуже насичена яскравими подіями. За період свого існування кафедра стала однією з провідних в Україні та опорною на єдиному в Україні факультеті підвищення кваліфікації викладачів (що існував в університеті з жовтня 1993 року по листопад 2022 року). На кафедрі проходять підвищення кваліфікації науково-педагогічні працівники з питань використання інформаційних технологій, цифровізації діяльності, трансферу знань та інших напрямів.

За понад 30 років на кафедрі пройшли підготовку більше десяти тисяч слухачів, серед яких майже половина практичні лікарі. Також навчалися наукові співробітники, науково-педагогічні працівники закладів вищої медичної освіти України, аспіранти та магістранти. Короткострокові цикли на кафедрі пройшли понад 20 тисяч інтернів і слухачів суміжних циклів. Проведено понад 450 циклів тематичного вдосконалення. Протягом періоду свого існування кафедра проводила виїзні цикли в усіх областях України, а за часів Радянського Союзу виїжджала в інші республіки: Вірменію, Казахстан, Азербайджан тощо.

Кафедрою медичної інформатики в грудні 2004 року вперше в Європі проведено відеоконференцію у форматі багатоточкової взаємодії (режим М-Bone) за участю спеціалістів із 5 країн: України, США, Польщі, Словаччини й Албанії.

З 2000 по 2015 роки до складу кафедри входив курс педагогіки та психології, що був започаткований доктором педагогічних наук професором Миколою Васильовичем Черпінським.

За ініціативи кафедри медичної інформатики створено науковий навчально-методичний центр дистанційної освіти, що започаткував дистанційну освіту в галузі охорони здоров’я, був оснащений потужним сучасним обладнанням (працював в університеті з січня 2006 року по вересень 2022 року).