На теперішній в структурі ВП "НП МЦ професійного здоров’я НУОЗ України імені П. Л. Шупика" зберігання і облік лікарських засобів, витратних матеріалів медичного призначення, засобів для дезінфекції здійснюється старшими медичними сестрами відповідних амбулаторних, загально клінічних та стаціонарних підрозділами. 
Відповідальність за реалізацію зазначеного напрямку роботи покладене на старших медичних сестер відповідних підрозділів.
Загальна координація здійснюється Головною медичною сестрою.
Бухгалтерський облік покладений на заступника головного бухгалтера.

В перспективі планується створення централізованої аптеки-складу, який очолить фармацевт з вищою освітою.

Щомісячна інформація щодо наявності лікарських засобів та медичних виробів розміщена на сторінці «Публічна інформація НПМЦ»